パーマリンクとは、WordPress 標準の動的 URL を静的 URL として、再定義するメカニズムです。
遅きに失し、今頃パーマリンクを設定した影響で一部のＤＢが壊れてしまいました。
原因は、Transposhとの連動とプラグイン「Custom Permalinks」との相性問題のようです。現在、このプラグインを停止させ、ＤＢを復旧中です。